故事中的三个主人公小飞、鼠妹、胖胖是侦查队的优秀老鼠侦查员。他们有各自的绝招，小飞擅长体术，追捕的速度极快，身体也十分灵活；鼠妹机智聪明，能想出各种对付坏人的妙招；胖胖贪吃爱睡，但在危急关头总能意想不到地救了大家。这个完美组合接手了一项重要任务——探索神秘莫测的海底世界。三人穿着特制的潜水服深入海底，向居住在海底的生物传达来自人类友好的问候，并帮助他们解决环境和生存方面的问题。三人将他们每天的所见所闻记录在《老鼠笔记》上，这本厚厚的《老鼠笔记》帮助人们了解另一个未知的世界，那里有色彩斑斓的鱼群和藻类，同样也暗藏杀机，日记中记载了令人震惊的“厄尔尼诺现象”、华丽壮观的“海火”和恐怖诡异的“食肉海绵”等内容，为人类和海洋世界的沟通提供了一个重要窗口。