地球被Gauna摧毁了，这是一个身高相差15米的恋爱中的未知生命体，人类勉强活了下来，继续乘坐巨大的飞船 "Sidonia "旅行，但Gauna在100年后第一次出现。 然而，100年来第一次，高娜出现了。 人类再次面临灭绝的危险，但由于由人类和Gauna创造的Tsumugi Shirou和人形战斗武器Eijin（红宝石：Morito）的王牌飞行员Nagamichi Tanikaze的活动，Gauna被暂时打败。 他们成功地赢得了这场战斗。 从那时起，十年已经过去了。 西多尼亚的人民正在享受短暂的和平。