逃过摄魂怪的追杀，通过魔法部的审查，哈利·波特（丹尼尔·雷德克里夫 饰）终于回到美丽的霍格沃兹。然而这个学期并不轻松，他不仅要完成魔法等级考试，还要应对夜晚的噩梦和黑魔法防御课老师乌姆里奇（伊梅尔达·斯汤顿 饰）的打压。在好友的支持下，哈利·波特秘密组建了邓布利多军团，与大家一起练习黑魔法防御术。 噩梦中，哈利·波特总是以伏地魔的视角出现，似乎他们之间有着某种神秘的联系。在邓布利多（迈克尔·刚本 饰）的指示下，哈利·波特向斯内普教授（阿伦·瑞克曼 饰）学习封闭术，却鲜有成效。终于在一次噩梦的诱使下，哈利·波特偏执的赶往魔法部营救小天狼星，却不想陷入伏地魔的圈套，引发凤凰社与食死徒之间的正面冲突。在混战中，小天狼星（加里·奥德曼 饰）不幸遇难。 究竟哈利·波特与伏地魔（拉尔夫·费因斯 饰）之间有着怎样的联系？在悲恸中，邓布利多为他揭开谜底，哈利·波特还有更长、更艰难的路要走。