在未来的世界里，两大世仇王朝家族相互觊觎。艾崔德斯公爵在敌人 当企业号正在例行巡视时，毕卡特舰长突然接到消息，显示波格族人 皮卡特舰长获知百科（Data）中尉在巴库（Baku）星球被掳 法老发现自己的王国内希伯来人日益增多，开始感到不安，对希伯来人总是无端猜疑，于是命令所有的希伯来人都去当奴隶，并吩咐讲所有希伯来人生的男孩扔到河里。这天，一个希伯来妇女生了一个漂亮的男孩，为了自己的孩 皮卡特舰长获知百科中尉在巴库星球被掳为人质后立刻率企业号前往 当企业号正在例行巡视时，毕卡舰长突然接到消息，显示柏格人已经 变种人的领袖X教授主张对人要宽容，万磁王相信适者生存的理论。 琴的死亡在X战警中造成了持续的影响，斯科特和金刚狼罗根恍然若失。学院的教学任务落在了风暴女和金刚狼等人的肩上，异种人在这里才能得到身份的认同。某公司从一名异种人儿童的基因中提取出了还原变异的X基因的“解药”，可以令异种人的身体与常人无异，解药的问世在异种人中引起了强烈反响，万磁王四处联系不愿改变体质的异种人，试图用暴力反抗人类社会的不公平待遇。金刚狼等人发现琴并未死去，而且她被唤醒的第二重人格拥有极为强大的力量，X教授和万磁王各自争取琴，她成为了改变异种人世界的关键人物…… 第一集中，变异人在X教授的指挥下，将邪恶的万磁王打入冷宫，但是依然得不到社会的承认。在一次政治要人遭到暗杀后，所有的矛头又一次指向变异人。这一次，X教授也感到压力大增，以致于跟美国总统都要就此事进行磋商。一个拥有很高声誉的前将军，率领着反对变异人的联盟连续对x教授施压。万磁王在这种情况下，不得不寻找与X教授联手抵抗前将军的方式。金钢狼的身世也将在本集中进一步揭开。 杰瑞·弗莱彻（梅尔·吉布森 Mel Gibson 饰）是纽约一名普通的出租车司机，他孑然一身，无所事事。大概是过于无聊，杰瑞的脑中经常幻想关于政府的各种阴谋论，并将它们告诉给每一个乘客。似乎有些弄假成真，他日常生活中也谨小慎微，紧张兮兮。杰瑞迷上了美丽的律师艾丽丝·萨顿（朱丽娅·罗伯茨 Julia Roberts 饰），并经常带着他的那些阴谋论新闻找艾丽丝交流。近一段时间，纽约经常出现水管爆裂的情况，目击到FBI曾在现场出现，杰瑞断定这背后定有什么阴谋。这次他没有猜错，很快一群神秘人物就盯上了这个口无遮拦 
