为了制造出适合陪伴人类的海洋伙伴宠物，由海啸女士带领的靴子实验室抓走了比奇堡的所有居民，海绵宝宝和松鼠珊迪·奇克斯为了拯救比奇堡决心前往人类世界，开启了惊心动魄的冒险旅程。海绵宝宝和珊迪在得州被响尾蛇攻击，珊迪的家人们挺身而出帮二人脱险，并护送二人到了靴子实验室。在实验室里众人目睹了海啸女士的邪恶计划，海绵宝宝作为邪恶克隆计划的牺牲品被抓走命悬一线。在危急关头，珊迪发挥自己的聪明才智，在章鱼哥、派大星、蟹老板等比奇堡朋友们和奇克斯家人们的帮助下，排除万难成功阻止了海啸女士的克隆计划。 该片讲述了丑娃娃们探索未知世界寻找真正自我的冒险之旅的故事。生活在丑娃镇上的丑娃娃们前往一个叫完美学院的地方探险，那里的娃娃们都精致漂亮，会在毕业前接受训练，然后被送到真实世界里成为孩子们心爱的玩具。小希要和小伙伴们在那里接受训练变身完美娃娃，这对于他们来说并不容易。小希能否完成蜕变，找到属于自己的主人，故事还在继续展开…… 克隆人突击队99号小组再度出动！最后一战，为惊险的银河系旅程划上句号。 
