少年黄飞鸿（释小龙 饰）自小聪颖正直，常和恶势力斗得头破血流。但作为一个孩子，他也有顽皮捣蛋的一面，每每闯了祸其母亲吴娴就帮他脱困，与黄飞鸿更似一对朋友，而黄飞鸿的父亲黄麒英（何中华 饰）则严肃古板得 白莲教徒接下满清大臣纳兰元述所下的对付革命党人的命令后，在广州街头借“扶清灭洋”的口号大肆捣乱洋人的使馆、教堂等地盘，甚至连小学生也不放过，他们的举动令黄飞鸿、十三姨与梁宽异常气愤。在某个医学会议上，黄飞鸿与革命党领袖孙文一见如故，发现革命党人对救国更具远见时，他决定帮助革命党人逃过厄运。随后，他直捣白莲教总坛决胜九宫真人，揭开迷信假像，又因奋慨国运衰竭民智末开，不惜与纳兰元述决一死战。 白莲教徒接下满清大臣纳兰元述（甄子丹 饰）所下的对付革命党人的命令后，在广州街头借“扶清灭洋”的口号大肆捣乱洋人的使馆、教堂等地盘，甚至连小学生也不放过，他们的举动令黄飞鸿（李连杰 饰）、十三姨（关之琳 饰）与梁宽（莫少聪 饰）异常气愤。在某个医学会议上，黄飞鸿与革命党领袖孙文（张铁林 饰）一见如故，发现革命党人对救国更具远见时，他决定帮助革命党人逃过厄运。随后，他直捣白莲教总坛决胜九宫真人，揭开迷信假像，又因奋慨国运衰竭民智未开，不惜与纳兰元述决一死战。 八国联军入京，朝廷出奔，举国局势一度混乱。黄飞鸿（赵文卓饰）与父亲黄麒英（刘询饰）、十四姨（王静莹饰）、徒弟梁宽（莫少聪饰）、鬼脚七（熊欣欣饰）一行人南下番禹，欲与十三姨（关之琳饰）、猪肉荣（郑则仕饰）、牙擦苏（郭晋安饰）汇合。师徒于路同担心海盗夺粮的南粤米仓发生误会，两帮人不打不相识，黄飞鸿助其将盗米贼扭送衙门，惊觉盗米竟是差役领班谢四（张铁林饰）指使。原来南海海盗趁局势混乱，活动频繁，使番禹一地早无官员统制，差役不得已靠偷盗维持口粮。黄飞鸿有感谢四等人忠义，遂放弃赴港计划，与当地海盗单眼英、张玉麟、张 武师陈厚德（元华 饰）远赴美国开设宝芝林，时常召唤国内的徒弟阿杰（李连杰 饰）来美国帮衬，但阿杰担忧在美的居留问题，迟迟未到。陈厚德曾经收下一名美国弟子尊尼（杰瑞·特林伯 饰），尊尼学成后却挑战师傅，意欲扬名立万扩张自己的武馆，陈厚德被尊尼打成重伤，宝芝林也被砸烂，幸好有少女安娜路过，将陈厚德救走。 黄飞鸿，十三姨和鬼脚七三人远赴美国旧金山，只因一年前牙擦苏在美国开设宝芝林至今终于扎下了脚跟。黄飞鸿于路搭救了落难的美国快枪手比利，不想他们的旅队被林中埋伏的印第安人冲散，黄飞鸿为救十三姨落入湍急河流，头部受撞击后下落不明。十三姨和鬼脚七被人救起送至宝芝林，牙擦苏得见二人大喜过望，为这华工颇受镇长欺侮的小镇生活增添了生机。比利因出众的枪法受雇为助理治安官，对华人颇有好感的比利凭一... 德叔有一身少林武功，到美国开了个宝芝林医馆，兼授武术。叛徒尊尼另开武馆，并来宝芝林寻衅，用下流手段打伤德叔，企图独霸美国武林。德叔大弟子杰到美国探师，与当地少女安娜发生误会，被拘入警局。杰在警局与警员发生友谊，并于德叔团聚。尊尼不甘心，继续聚众闹事，杰挺身而出，巧妙的利用警方把他们绳之于法，为达到报复的目的，尊尼把安娜吊在摩天大楼上，引诱杰来拼命。一个武林清理门户，除掉叛逆洋徒弟... 
